"Z prostotą kroczcie drogą Pana i nie zadręczajcie waszego ducha. Trzeba, abyście znienawidzili wasze wady, ale czyńcie to z umiarkowaną nienawiścią, a nie gniewnie i nerwowo. (...) Z braku cierpliwości, wasze niedoskonałości zamiast zanikać, rozrastają się coraz bardziej, gdyż niepokój i zatroskanie o pozbycie się ich, powoduje ich umocnienie." (Epist. 111, s. 579).

Jest jednak lek, który rodzi pokorę i uświęca człowieka - SPOWIEDŹ.

Głęboko rozumiał to święty zakonnik, dlatego w ciągu dnia spowiedź była głównym zajęciem św. Ojca Pio. Spowiadając spoglądał we wnętrze penitentów. Okłamywanie Ojca Pio podczas spowiedzi było niemożliwe. Zaglądał on w ludzkie serca wzrokiem i wiedzą Boga. Często, kiedy grzesznicy byli nieśmiali, Ojciec Pio sam wymieniał ich grzechy podczas spowiedzi. Zapraszał wszystkich wierzących do tego źródła przynajmniej raz na tydzień. Mówił:

"Nawet, jeśli pokój był zamknięty, po pływie tygodnia konieczne jest jego odkurzenie."

Spowiedź drodzy bracia i siostry to coś więcej niż tylko wyznanie grzechów, dobrze przeżyta spowiedź to egzorcyzm, a więc uwolnienie od wszelkich wpływów zła, to możliwość zobaczenia siebie, stanu swojej duszy jakby w zwierciadle, którym jest nasz Pan.

W sakramencie spowiedzi Ojciec Pio był bardzo drobiazgowy. Wymagał od penitentów precyzyjnych odpowiedzi, aby wyrwać każde najdrobniejsze zarzewie grzechu. Wymagał spowiedzi jasnej, krótkiej, klarownej, szczerej, biada tym którzy się usprawiedliwiali! Wydawało się, że pragnie on swymi oczyma zagłębić się w sumienie penitenta, zajrzeć w najskrytsze zakamarki. Jeśli spowiadający się uporczywie ukrywał jakiś grzech, ojciec Pio przerywał, mówiąc:

„Dobrze, teraz powiedz mi… " powiedz mi prawdę, tego chce Chrystus.

Nie znosił ludzi, którzy przychodzili do niego jedynie z ciekawości, którzy usprawiedliwiają swoje grzeszenie np. Kłamstwa, plotki Pewnego dnia, mężczyzna wyznał Ojcu Pio. "Ojcze, mówiłem kłamstwa, kiedy byłem w towarzystwie moich przyjaciół. Zrobiłem to, aby wszystkich rozbawić". Ojciec Pio powiedział: "Ach tak! Czy ty chcesz iść do piekła z powodu żartów?", kłamstwo, każde jest niezwykle niszczące, ale nie tego, którego okłamujemy ale kłamiącego, zatwardza jego serce, niszczy wrażliwość, popycha do wszelkich nieuczciwości.

"A jeśli plotkujesz na temat innego człowieka to znaczy, że usuwasz tą osobę ze swojego serca. Lecz uświadom sobie, że gdy usuwasz tą osobę ze swego serca, razem z tą osobą z twojego serca usuwany jest również Jezus." Zważ czy ci się to opłaca.

Jeden z zakonników opowiadał: "Pewnego dnia Ojciec Pio nie dał rozgrzeszenia penitentowi mówiąc mu: "Jeśli pójdziesz się wyspowiadać do innego kapłana, zabierz rozgrzeszenie, które otrzymasz i idź do piekła razem z nim".

Uważał On, że sakrament pokuty jest bezczeszczony przez ludzi, którzy nie chcą zmienić swojego życia, którzy nie postanawiają życiem poprawy.

~~ "Ani w myślach, ani w spowiedzi Świętej nie powinno się wracać do win wyznanych na poprzednich spowiedziach świętych. Dzięki naszej (doskonałej) skrusze, (wypływającej z miłości do Boga), Jezus przebaczył je w sakramencie pokuty. Tam On sam stanął przed nami i naszymi nędzami, jako Wierzyciel wobec niewypłacalnego dłużnika. Gestem nieskończonej wspaniałomyślności podarł i zniszczył weksle zapisane przez nas grzechami. Na pewno nie umielibyśmy spłacić naszych długów, gdyby nie przyszła nam z pomocą Jego Boska łaskawość. Powracanie do tych win, chęć ponownego wydobywania ich z zapomnienia po to, aby raz jeszcze otrzymać za nie przebaczenie tylko dlatego, że mamy wątpliwość, czy zostały one rzeczywiście i wspaniałomyślnie odpuszczone, czyż nie jest aktem nieufności wobec dobroci, która dała dowód ich przebaczenia, unicestwiając wszelki tytuł długu zaciągniętego przez nas grzechami?."~~ (GF, s. 169). Po zakończeniu spowiadania ojciec Pio natychmiast udawał się do kościoła, aby odprawiać nabożeństwo, albo na chór lub się modlić.